Em 1784, o governo francês nomeou uma comissão de médicos e cientistas para investigar suas atividades. Benjamin Franklin foi um dos membros dessa comissão, que acabou por constatar a veracidade das curas, porém as atribuíram não ao magnetismo animal, mas a outras causas fisiológicas desconhecidas.

Concentrado no alívio à dor, Mesmer não chegou a perceber a existência do sonambulismo artificial, que seu ilustre e generoso discípulo, conde Maxime Puységur, descobre (inclusive a clarividência a ele associada), o qual se desenvolve durante o transe magnéticos em certas pessoas.

Em 1792, Mesmer vê-se forçado a retirar-se de Paris, vilipendiado, e instala-se em pequena cidade suiça, onde vive durante 20 anos sempre servindo aos necessitados e sem nunca desanimar nem se queixar.

Em 1812, já aos 78 anos, a Academia de Ciências de Berlim convida-o para prestar esclarecimentos, pois pretendia investigar a fundo o magnetismo. Era tarde; ele recusa o convite. A Academia encarrega o Prof. Wolfart de entrevistá-lo.