Eleito vereador municipal pelo Partido Liberal, em 1861, teve sua eleição impugnada pelo chefe conservador, Haddock Lobo, sob a alegação de ser médico militar.

Objetivando servir o seu Partido, que necessitava dele a fim de obter maioria na Câmara, resolveu Bezerra de Menezes afastar-se do Exército.

Em 1867 foi eleito Deputado Geral, tendo ainda figurado em lista tríplice para uma cadeira no Senado. Quando político, levantou-se contra ele, a exemplo do que ocorre com todos os políticos honestos, uma torrente de injúrias que cobriu o seu nome de impropérios. Entretanto, a prova da pureza da sua alma deu-se quando, abandonando a vida pública, foi viver para os pobres, repartindo com os necessitados o pouco que possuía.

Corria sempre ao tugúrio do pobre, onde houvesse um mal a combater, levando ao aflito o conforto de sua palavra de bondade, o recurso da ciência de médico e o auxílio da sua bolsa minguada e generosa.

Desviado interinamente da atividade política e dedicando- se a empreendimentos empresariais, criou a Companhia de Estrada de Ferro Macaé a Campos, na então província do Rio de Janeiro.

Depois, empenhou-se na construção da via férrea de S. Antônio de Pádua, etapa necessária ao seu desejo, não concretizado, de levá-la até o Rio Doce. Era um dos diretores da Companhia Arquitetônica que, em 1872, abriu o "Boulevard 28 de Setembro", no então bairro de Vila Isabel, cujo topônimo prestava homenagem à Princesa Isabel.

Em 1875, era presidente da Companhia Carril de S. Cristóvão. Retornando à política, foi eleito vereador em 1876, exercendo o mandato até 1880.

Foi ainda presidente da Câmara e Deputado Geral pela Província do Rio de Janeiro, no ano de 1880. O Dr. Carlos Travassos havia empreendido a primeira tradução das obras de Allan Kardec e levara a bom termo a versão portuguesa de "O Livro dos Espíritos". 

Logo que esse livro saiu do prelo levou um exemplar ao deputado Bezerra de Menezes, entregando- o com dedicatória. O episódio foi descrito do seguinte modo pelo futuro Médico dos Pobres: